Педроса пресече финалната линията, и взе победата в драматичната надпревара за Голямата награда на Япония, където само двама от седемте най-добри пилоти не отпаднаха заради падане или наказание. Състезанието започна с излитане от пистаната на Стоунър в първия завой след като стартира от полпозишън, докато съотборникът му Довициозо започна трескава борба, с Марко Симончели и Кал Кръчуол (Monster Yamaha Tech 3).
Пилота на Ducati Валентино Роси катастрофира на първата обиколка, като повлече Бен Спийс (Yamaha Factory Racing) извън пистата, това коства на американеца голямо изоставане. Междувременно Стоунър отново се включи в борбата за победата, като всичко вървеше много добре до средата на петата обиколка когато отново излезе от пистата. Малко след това Хектор Барбера (Mapfre Aspar) остана назад, докато Ники Хейдън (Ducati Team), излезе от пистата, след като здраво държеше четвъртата позиция.
Лоренцо си проби път до второто място, докато Стоунър остана трети. Симончели и Довициозо си изтърпяха наказанията, а след това се захванаха с битката по между си до финала, от която Довициозо взе четвъртото място.
Дойде ред и на трима американци, от които Спийс се класира на шесто място, следван от Хейдън и Колин Едуардс. Хироши Аояма успя да избегне повечето драми по пистата и завърши девета, както и Ранди де Пюние, който завърши десети. Кръчуол се задоволи с 11-то място, след наказание.
Косуке Акиоши (LCR Honda), завърши на дванадесето място, а съотборникът му Тони Елиас се разби след битка за шеста позиция. Шиничи Ито (Honda Racing Team) беше последния успял да завърши надпреварата на 13-то място. Дамян Кудилин, който се качи на мястото на контузения Капироси от отбора на Pramac Racing се разби към края на състезанието, както и Алваро Баутиста (Rizla Suzuki) отпадна докато се движеше на четвърто място.
Карел Ейбрахам (Cardion AB Motoracing) не стартира, след като взе решение, да не участва в надпреварата. Чешкия пилот все още чувства добре от сътресението което получи след катастрофата си в първата обиколка на състезанието Арагон.
Стоунър води в класирането за шампионата пред Лоренсо с 40 точки, три кръга преди края на сезон 2011.