Той изпревари само с 0,029 сек. съотборника си и световен шампион Кейси Стонър. Първата стартова редица допълни третият пилот на тима Андреа Довициозо, който изостана на 0,204 сек.
Времето си от 2:01,462 мин. Дани постигна, след като имаше инцидент в началото на квалификацията. Това е втората полпозишън за испанеца през този сезон. Освен на квалификацията Дани доминираше и в трите тренировъчни сесии преди това и даде сериозна заяв ка за победата в утрешното състезание.
Колин Едуардс от екипа на Monster Yamaha Tech 3 постигна отличното четвърто място, като изостана на 0.548 сек. След него се класира пилотът на Gresini Honda Марко Симончели, а втората редица бе допълнена от Ники Хейдън, който бе най-бързият пилот на Ducati на 0.710 сек.
Начело на трета редица – 7-и е съотборника на Симончели – Хироши Аояма, следван от Алваро Баутиста (Rizla Suzuki) и Валентино Роси. Доктора катастрофира в последната част на квалификацията, но се върна на пистата и постигна време, което бе с 0.933 сек. от Педроса. В сравнение с петъчното изоставане на Роси – 2.427 сек., това е сериозен прогрес. Кал Кръчлоу ще стартира в първата си Гран При на Малайзия от 10-а позиция, а след него са двамата пилоти на Pramac Ducati Ранди де Пюние и Лорис Капироси.
В клас Moto2 първа позиция спечели Томас Люти (Interwetten Paddock Moto2), а след него на 0,212 беше Щефан Брадъл (Viessmann Kiefer Racing). Трети на първа радица е Мануеле Пиро (Gresini Racing Moto2), който изостана на близо половин секунда от Люти.
В клас 125 куб. см на полпозишън е лидерът в шампионата Николас Терол (Bankia Aspar). Той се класира само на 0,015 сек. пред съотборника си Хектор Фобел в последните секунди на сесията. Трети бе Сандро Кортезе (Intact Racing Team Germany) на 0.375 сек. Претендентът за шампионската титла Йохан зарко катастрофира в началото на сесията и все пак успя да се върне в квалификацията, но зае 15-о място.
Резултатите в MotoGP
1. Педроса, Repsol Honda Team 2:01.462
2. Стонър, Repsol Honda Team +0.029
3. Довициозо, Repsol Honda Team +0.204
4. Едуардс, Monster Yamaha Tech 3 +0.548
5. Симончели, San Carlo Honda Gresini +0.643
6. Хейдън, Ducati Team +0.710
7. Аояма, San Carlo Honda Gresini +0.792
8. Баутиста, Rizla Suzuki MotoGP +0.870
9. Кръчлоу, Monster Yamaha Tech 3 +1.294
10. Роси, Ducati Team +1.303